Menurut cerita nenek moyang Desa Kwagean dihuni sejak zaman Penjajahan Belanda. Disitu belum ada Desa, masih hutan rimba padat. Ketika itu Mbah Wage anak buah dari pasukan Panglima Diponegoro melarikan diri ke hutan tersebut dan selama pelarian Mbah Wage Membuat tempat persembunyian di hutan tersebut dan mengajak pasukan pelarian perang antar belanda ke hutan tersebut karena jasa Mbah Wage maka hutan tersebut menjadi desa dan dinamakan Kwagean dengan menyantumkan nama pendiri desa tersebut untuk mengenang jasanya.

Adapun kepala desa yang pernah menjabat hingga sekarang adalah sebagai berikut.